1492 l’Espagne, à l’apogée de sa gloire, achève la reconquista, chasse les Maures de la Péninsule, lance ses navires à la conquête de l’Amérique et expulse les Juifs, présents dans le pays depuis 1400 ans. Certains d’entre eux, convertis de force par l’Inquisition, vont continuer à pratiquer en secret leur religion : ce sont les nouveaux chrétiens, ou marranes.
Leur histoire, bâtie dans la clandestinité, laissera son empreinte sur l’Europe de la Renaissance et le Nouveau Monde.

La ville médiévale de Lisbonne comptait au moins quatre quartiers juifs dans le courant du XIIIe au XVe siècle. Le grand quartier Juif ou le vieux quartier Juif de Lisbonne se situait entre les églises actuelles de Madalena et de S. Nicolau. On pouvait trouver une synagogue principale et d'autres plus petites, un hôtel de ville, un tribunal, une école pour enfants et études rabbiniques, une bibliothèque et des hôpitaux tels que celui de Salomão Negro (ancien hôpital de Todos-os-Santos), une prison, un boucher et une auberge, et même un lieu pour la prostitution.

L’église da Madalena, fondée au XIIème siècle par ordre du roi D. Afonso Henriques, à côté de la muraille maure, subit en 1363 un important incendie et fut reconstruite par le roi Fernando Ier. En 1600, elle est partiellement détruite par un cyclone et en 1755 elle est démolie par le tremblement de terre.
Dans la rua da Madalena, le portail de l'église de style manuélin proviendrait de l'église de Conceição dos Freires (actuelle église de Nossa Senhora da Conceição Velha), également détruite par le tremblement de terre (ancien site de la grande synagogue). Selon certains spécialistes, les fondations datent d'un temple romain dédié à la déesse Cybèle. Près de ce site, quatre pierres tombales romaines ont été découvertes et, non loin de là, des restes sépulcraux du IVe-Vème siècle. 

La grande synagogue de Lisbonne fut construite entre 1306 et 1307, par D. Judah, fils de D. Guedelha, grand rabbin au temps du roi D. Dinis. Les récits historiques laissent entrevoir un édifice somptueux à l’époque, présentant peut-être des similitudes avec la synagogue Santa Maria la Blanca de Tolède (Espagne).
Un médecin allemand nommé Jerónimo Muenzer, qui s'est rendu à Lisbonne en 1494, décrit son intérieur comme décoré d'une beauté extrême, avec une influence islamique distincte dans son architecture. Il y avait un grand pupitre pour les sermons et au moins dix énormes lustres de 50 à 60 lampes chacun, ainsi que de nombreux autres plus petits.
À partir de 1496, le bâtiment a été purifié et transformé en un temple catholique, dédié à la Dame da Conceição (dos Freires) jusqu'en 1755, année de sa destruction. Selon Samuel Schwarz et Augusto Vieira da Silva, la synagogue serait située dans l'ancienne rue Princesa (aujourd'hui rue Fanqueiros) et à l'angle de la rue dos Mercadores, située à mi-chemin entre les rues actuelles de S. Nicolau et Conceição.

D. Pedro I, qui obéissait aux directives du concile de Latrão, a commencé à contraindre les Juifs à vivre enfermés séparés des chrétiens. 
À son tour, le roi Jean Ier décréta qu'une couleur rouge distincte (étoile à six branches) de la taille d'un sceau royal soient placées sur les vêtements des Juifs, sous peine d'emprisonnement, de flagellation et de perte de leurs vêtements.
Au XVè siècle, les chrétiens vont même jusqu’à demander aux tribunaux de transférer les Juifs dans une zone qui est aujourd'hui celle de Restauradores et celle de Avenida da Liberdade. 
Durant cette période, deux attaques contre la communauté juive de Lisbonne ont eu lieu.

Des chroniques découlent de ces événements tragiques.

1449 - Un groupe de jeunes chrétiens aurait offensé des Juifs près de la Ribeira; leur plainte étant déposée, les coupables auraient été flagellés, ce qui a provoqué la colère de la foule chrétienne, réclamant une vengeance immédiate.
Le grand quartier Juif a été attaqué, plusieurs Juifs sont morts et leurs maisons ont été vandalisées et pillées. D. Afonso V qui était à Évora est immédiatement venu à Lisbonne pour mettre fin à l'attaque.

1482 - Nouvel assaut sans perte majeure en vies humaines et en biens, à l'exception de la destruction de la bibliothèque d'Isaac Abravanel.

Le 24 mai 1504, quarante jeunes vieux chrétiens insultèrent un groupe de nouveaux chrétiens dans la rua Nova. Les jeunes ont été arrêtés, flagellés puis condamnés à la déportation pour S. Tomé.

1505 - 1507 - Peste à Lisbonne.
Le dimanche 19 avril 1506, les fidèles ont rempli l’église de São Domingos, appelant à la fin de la sécheresse et de la peste qui sévit dans la région. Selon le récit anonyme d'un Allemand qui se trouvait à l'intérieur de l'église de S. Domingos: 
« ... il y avait une croix avec un miroir au milieu, puis apparaît l'image de Marie qui pleure à genoux devant Jésus et au-dessus de la croix, de petites lumières et une grande … »
Tout le monde a commencé à crier que c'était un miracle. Au milieu de tout cela, il y avait une voix dissidente, un nouveau chrétien, qui tenta de faire valoir que c’était un phénomène physique, causé par le reflet de la lumière. Le nouveau chrétien est immédiatement traîné et tué. Les heures qui suivent sont une véritable orgie de terreur et de mort.
Le magistrat accompagné de quelques hommes armés fuit la population. Pendant ce temps, les frères dominicains criaient fort: "... quiconque tue la progéniture d'Israël est garanti de 100 jours d'acquittement dans le monde à venir. »
Jour 1 - Assassinat de tous les nouveaux chrétiens qui sont vus dans les rues.
Jour 2 - Pillage et évacuation de personnes réfugiées chez elles. D. João Rodrigues Mascarenhas, écuyer du roi et titulaire de nombreux droits de douane dans les principaux ports du royaume, était l’une des cibles visées.
Le roi D. Manuel, qui se trouvait à Abrantes, a envoyé le gouverneur de la justice, Aires da Silva, et le gouverneur de la maison civile de Lisbonne, D. Afonso de Castro.
Tous deux sont empêchés d'entrer dans la ville et sont détenus aux portes de S. Vicente de Fora. Ce n’est alors qu’après la confiscation d’une partie de leurs biens, qu’ils pourront entrer dans la ville.
Le 24 avril, le roi ordonne à D. Diogo de Almeida, Prior de Crato, et à D. Diogo Lobo da Silva, baron d'Alvito, de se rendre à Lisbonne avec un grand nombre de soldats, dans le but de rétablir l'ordre dans la ville.

Entre de 2000 à 4000 nouveaux chrétiens ont été assassinés durant ces trois jours.

Sources :
C. Roth histoire des marranes.
https://aoescorrerdapena.blogspot.com/2007/08/lisboa-judiarias.html
http://pt.wikipedia.org/
Por Terras de Sefarad